La estructura organizacional de la Dirección General Marítima - Centro de Investigaciones Oceanográficas e Hidrográficas del Pacífico (Dimar-CCCP) se modificó con el Decreto 5057 del 30 de diciembre de 2009 del Ministerio de Defensa Nacional, estableciendo las Áreas que se describen a continuación, así como la Unidad de apoyo administrativo ubicada físicamente en la ciudad de Buenaventura.

Estructura interna de la Dimar-CCCP.

Dirección CCCP
•   Director
•   Planeación 
•   Personal y seguridad 
•   secretaria 

Buque Oceanográfico
•   5KLA ARC Gorgona

Bote tipo Pilot 
•   5KFL ARC Cascajal

Área Manejo Integrado de Zona Costera
•   Investigador (Responsable de Área)
•   Levantamientos Hidrograficos
•   Riesgos Costeros 
•   Sistema de Informacion Geografica

Área Oceanografía Operacional
•   Investigador (Responsable de Área)
•   Sección Oceanica
•   Sección Metereologia Marina
•   Sección Centro Alerta Tsunami Regional Tumaco

Área Protección Medio Marino
•   Investigador (Responsable de Área)
•   Laboratorio de Biologia  
•   Laboratorio de Microbiologia
•   Laboratorio de Quimica

Área Técnica
•   Responsable de Área
•   Ingeniero Software, Bases de Datos y Redes
•   Técnico Hardware y Software

Área de Apoyo 
•   Seguridad industrial y física (Servicios generales, transporte, módulo habitacional y patrón de lanchas)
•   Logistica